Jan Popiel urodził się dnia 28 stycznia w Brodnicy koło Śremu w Wielkopolsce w rodzinie ziemiańskiej. Młodość spędził w gronie pięciorga rodzeństwa w majątku rodzi
nnym w Wójczy koło Stopnicy. Jego dwie siostry obrały stan zakonny w Zgromadzeniu Sióstr Urszulanek Serca Jezusa Konającego, zwanych potocznie Urszulankami Szarymi.
    Od 1926 do 1932 r., a więc przez 6 lat, Jan uczęszczał do szkoły średniej w jezuickim zakładzie naukowo-wychowawczym Stella Matutina w Austrii. Osiem klas gimnazjum klasycznego zakończył egzaminem maturalnym, który nostryfikował w Polsce w 1933 r.
    Do Zakonu Jezuitów wstąpił 8 maja 1933 r. i w Starej Wsi k. Krosna odbył dwuletni nowicjat.
W latach 1935-1938 studiował filozofię na Wydziale Filozoficznym Towarzystwa Jezusowego w Krakowie, gdzie uzyskał licencjat kościelny, równoważny współczesnemu magisterium, na podstawie pracy Filozofia dziejów Mikołaja Bierdiajewa, pisanej pod kierunkiem O. Stanisława Bednarskiego, który zginął e Dachau w 1942 r., i jest kandydatem na ołtarze.
Wybuch II wojny światowej zastał Popiela w Lublinie. Dnia 10 IX I939 r. uciekł z Lublina, ale już w pierwszych dniach października tegoż roku do niego powrócił. Po aresztowaniu jezuitów w Lublinie, opuścił miasto i przebywał u rodziców w Wójczy oraz u siostry w Ruszczy k. Krakowa.
W warunkach wojennych rozpoczął w Lublinie studia teologii, kontynuował je prywatnie w Krakowie (1939/1940), Warszawie (1940/1941) i Nowym Sączu (1941- 1943). Święcenia kapłańskie przyjął 8 września z rąk arcybiskupa Stanisława Galla.
Uroczystą profesję czterech ślubów zakonnych złożył 15 sierpnia 1950 r. w kościele Najświętszego Serca Pana Jezusa w Krakowie.
Po zakończeniu II wojny światowej w 1945 r. podjął studia
filozofii i historii sztuki na Uniwersytecie Jagiellońskim i równocześnie był moderatorem Sodalicji Mariańskiej nauczycielek. W 1949 uzyskał na Uniwersytecie Warszawskim (państwowe) magisterium z filozofofii w zakresie estetyki na podstawie pracy napisanej pod kierunkiem Władysława Tatarkiewicza na podstawie rozprawy Estetyka krajobrazu w rzeczywistości i malarstwie. W 1963 zaś uzyskał doktorat Akademii Teologii Katolickiej w Warszawie, na podstawie Estetyka sztuki sakralnej pisanej również pod kierunkiem Władysława Tatarkiewicza. W 1963 zaś uzyskał doktorat Akademii Teologii Katolickiej w Warszawie, na podstawie Estetyka sztuki sakralnej pisanej również pod kierunkiem Władysława Tatarkiewicza. Od 1969 prof. zwyczajny Wydz. Filoz. Tow. Jez. w Krakowie
2 Od 1950 do do 1957 O. Popiel był rektorem Kolegium Jezuitów w Krakowie. Jako rektor udzielał pomocy materialnej dziennikarzom „Tygodnika Powszechnego” pozbawionym pracy przez władze komunistyczne.
Od 1973 do 1970 O. Popiel był prowincjałem Prowincji Polski Południowej i w tym charakterze brał udział. w XXXII Kongregacji Generalnej w Rzymie na przełomie 1974/75
W okresie jego prowincjalstwa nawiązano szeroką współpracę z Górnoniemiecką Prowincją Jezuitów z siedzibą w Monachium, głównie dzięki Ojcu Karolowi A. Kreuserowi, który od roku 1963 do 1994 r. pełnił obowiązki ekonoma tamtej Prowincji, a od 1972 r. był czynnie zaangażowany w urzeczywistnianie i rozwój partnerstwa między obu Prowincjami. Dzięki pomocy jezuitów niemieckich i różnych fundacji powstały niektóre dzieła apostolskie Prowincji Polski Południowej, w szczególności: Dom Pisarzy i Wydawnictwo WAM w Krakowie, dom  we Wrocławiu przy ul. Stysia i Ośrodek Duszpasterstwa Akademickiego „Xaverianum” w Opolu. Dużą pomoc otrzymały też domy rekolekcyjne w Częstochowie i Czechowicach oraz Ośrodek dla Dzieci w Żmiącej k. Limanowej, a także sąsiadujące z tą Bazyliką Ignatianum.

W latach 1982 –1985 O. Jan pełnił urząd dziekana Wydziału Filozoficznego TJ w Krakowie.
Od  1948 do 1990, a więc przez 42 lata – od 1969 z tytułem profesora wykładał historię filozofii, a w latach osiemdziesiątych także estetykę, na Wydziale Filozoficznym Jezuitów w Krakowie obecnie Ignatianum,
 historię filozofii i historię sztuki sakralnej w Wyższym Śląskim Seminarium Duchownym wówczas w Krakowie (1958-1973)
historię filozofii w Wyższym Instytucie Katechetycznym SS Urszulanek w Krakowie (1978-1973)
a także po kilka lat na Papieskim Wydziale Teologicznym w Krakowie (obecnie PAT) oraz w  Wyższych Seminariach Duchownych Ojców Dominikanów i Paulinów.
W latach 1979-1981 prowadził seminarium na Papieskim Uniwersytecie Gregorianum w Rzymie. Swoją wieloletnią działalność dydaktyczną zakończył w 1990 r.
W 1952 został mianowany przez abpa Eugeniusza Baziaka członkiem Komisji Archidiecezjalnej w Krakowie dla spraw sztuki kościelnej i konserwacji zabytków. Pełnił tę funkcję przez długie lata. Ponadto przez wiele lat był członkiem Komisji Episkopatu Polski do Spraw Sztuki Kościelnej.
Począwszy od 1944 r. pracował również duszpastersko. Głównie w Bazylice Najświętszego Serca Pana Jezusa w Krakowie prowadził także  działalność rekolekcyjną i konferencyjną.
Od 1978 do 1990 r. był kapelanem Sióstr Urszulanek Unii Rzymskiej przy ul. Starowiślnej w Krakowie.
Ważnym elementem jego edukacji była nauka języków obcych, stąd znajomość nie tylko języków klasycznych (łacina i greka), ale i współczesnych: francuski, niemiecki, angielski i włoski, którymi posługuje się w mowie i piśmie. Dzięki biegłej znajomości języka francuskiego i historii sztuki kościelnej, na prośbę ówczesnych władz polskich, w 1967 r. oprowadzał prezydenta Francji Charles’a de Gaulle'a po Kościele Mariackim w Krakowie. Z niemieckiego przełożył pracę z zakresu ascetyki: Theo Schmidtkonz SJ, w Twoich dłoniach (Kraków 1990).
O Jan wydał książkę Bóg jest miłością. Rozważania rekolekcyjne (Kr 1990), Z konferencji, jakie w latach osiemdziesiątych prowadził w Duszpasterstwie Akademickim WAJ w Krakowie powstała publikacja Rozmowy o modlitwie (Kr 1992) jej przekład ukraiński ukazał się drukiem w 1997 r. Ponadto opublikował ok.60 artykułów, zwłaszcza z historii sztuki, estetyki i historii filozofii, kilka również w języku niemieckim.